Крупнейший внутренний водоём в республике- является природной границей Тартуского уезда на западе.

Площадь озера 270,7 кв. км, длина 35,2 км, ширина 12,8 км, средняя глубина 2,8 м, наибольшая глубина 6 м. В озеро впадает 18 рек и ручьёв, приносящих свои воды с площади 3380 кв. км. Из озера вытекает река Суур-Эмайыги. Восточный берег озера , так называемый Тартуранд , принадлежащий в основном Тартускому уезду , по большей части высок. В северной части озера в воде находятся груды камней - мосты Калевипоэга.

Южная часть озера глубже и является продолжением долины реки Вяйке-Эмайыги. На дне озера много ила, гравия ,песка. Глубина озера с удалением от берега нарастает очень медленно. Берега в основном заросли камышом. Прозрачность воды небольшая. В озере водится 27 видов рыб, важнейшими из них являются лещ , окунь ,щука, судак, угорь, ёрш, снеток, плотва и др. .

Согласно преданию, когда-то на месте озера Выртсъярв было прекрасное озеро Эмуярв с прозрачной чистой водой , но в наказание народу оно вознеслось на облока. А на его месте из дождевой и талой воды образовалось озеро Выртсъярв цвета навозной жижи. В старину его так и называли - Виртсъярв (виртс - жижа).