Отвечает специалист Департамента окружающей среды Аймар Ракко:
На море и на внутренних судоходных путях движение водных транспортных средств регулируют Закон о безопасности мореходства и его подзаконные акты, на остальных водоемах — Закон о воде и его подзаконные акты. 
Внутренние судоходные водные пути — например, река Нарва, Чудское озеро, Ляммиярв, Псковское озеро, Эмайыги, Выртсъярв, Вяйке-Эмайыги от Выртсъярв до моста Йыгевесте, река Пярну от устья до устья реки Рейу, река Сауга от устья до пешеходного моста Вана-Пярну, река Рейу от устья до железнодорожного моста. 
Остальные водоемы можно считать несудоходными внутренними водными путями. По ним разрешено передвигаться на водном транспортном средстве, снабженном мотором (двигатель внутреннего сгорания, электромотор и т.д.), учитывая установленные законами ограничения.
Движение водного транспортного средства на несудоходных внутренних водных путях регулирует постановление министра окружающей среды. В постановлении говорится, что запрещено использование водных транспортных средств с двигателем внутреннего сгорания на предназначенных для общественного пользования озерах, площадь которых меньше 100 га, и на реках, минимальная ширина которых на судоходных участках — менее 10 метров. Использование электромотора разрешено на всех озерах и реках общественного пользования с учетом ограничений, установленных законом. 
На природоохранных территориях лодки с мотором, как правило, запрещены. Но есть исключения. К примеру, разрешено это на Эмайыги на природоохранной территории Алам-Педья, на реках Эльва (Улила) и Илматсалу, а также при наличии письменного согласия управляющего 
заповедником — на реках Педе и Пылтсамаа.
На основании Закона о воде старейшина уезда может на постоянной или временной основе ограничить движение водного транспорта на предназначенных для общественного пользования озерах и реках.

Дополнительная информация на русском языке: 
http://www.kalastusinfo.ee/sisu/vaikelaeva-registreerimine-rus.php