В свою очередь, Госконтроль Эстонии сообщил, что на эстонской стороне бассейна Чудского озера действует программа водного хозяйства Восточной Эстонии (утверждена Правительством Эстонской Республики 1 мая 2010 года), а меры по охране вод применялись в бассейне Чудского озера еще до 2010 года. При их применении Эстония исходит из выполнения требований Европейского Союза. Поэтому самые большие суммы были выделены на реконструкцию и строительство систем питьевой воды и сбора сточных вод: на территории Чудского водосборного подокруга в 2006 − 2011 годах было выделено 148 миллионов евро (5,8 миллиарда рублей) из средств эстонского государства и Европейского Союза.

Очистные сооружения реконструированы (построены) во всех более крупных населенных пунктах (свыше 2000 человек), в том числе в Тарту. Для уменьшения сельскохозяйственного загрязнения применяется распределение дотаций. В период с 2007 по 2013 год приблизительно по 200 миллионов евро получат уезды в бассейне Чудского озера в виде прямых субсидий из фонда Единой сельскохозяйственной политики Европейского Союза и производители в бассейне Чудского озера в рамках Программы развития сельских районов.

Вместе с тем в совместном докладе отмечается необходимость принятия дополнительных эффективных мер для достижения экологически безопасного состояния Чудского озера. Также подчеркивается, что до настоящего времени Совместной Российско-Эстонской комиссией в полном объеме не согласованы единые нормативные показатели качества трансграничных вод, а также методики взятия проб вод и производства анализов, предусмотренные Соглашением от 20 августа 1997 года. По результатам проверки установлено, что отсутствие достаточного финансирования не позволяет провести мониторинг трансграничных водных объектов в достаточном объеме. Стороны констатируют необходимость нормативного регулирования в сфере обмена данными государственного мониторинга трансграничных водных объектов. Итоги нового аудита экологического состояния Чудского озера будут объявлены в 2015 году.

Главы Госконтроля Эстонии и России Михкель Овийр и Сергей Степашин встретились в Ивангороде (Россия) 29 марта и подписали два меморандума об итогах аудитпроверок госконтролерами двух стран ситуации с пересечением границы товарами и транспортом, а также экологической ситуацией на Чудском озере. Данные проверки были инициированы по итогам первого визита Степашина в Эстонию в 2010 году.